氣相分子吸收光譜法的理論基礎是朗伯-比爾定律。氣體分子在不受外界影響的情況下，通常處于相對穩定的狀態，稱之為基態氣體分子。如果這些氣體分子接受到特定波長的光輻射時，很容易產生相應的分子振動。依照上述理論，在測定時，通過特定的化學反應，將被測成分轉化為對應的某種氣體，選擇合適的波長，氣態分子對該特征波長的分子振動吸收與濃度成正比，從而得出被測成分的含量。

理論上來說，氣相分子吸收光譜法即是把待測成分轉化為氣體，再進行測定。以水中的氨氮測定為例，目前的環境保護標準有水楊酸分光光度法、納氏試劑分光光度法以及氣相分子吸收光譜法等。與氣相分子吸收光譜法相比，其它方法存在受干擾較多、使用的試劑毒性較大、方法繁瑣等問題。因此，在環境水的測定中，氣相分子吸收光譜法具有很明顯的優勢。

將微量蠕動泵進樣技術引入到氣相分子吸收光譜儀中，實現了氣相分子吸收光譜儀的*自動進樣、稀釋，實現了儀器全自動化分析。